Kaplica jest dwupoziomowa, na rzucie kwadratu i kryta gontem. Zwyczajowo nazywana Ciemnicą, choć ta nazwa odnosi się tylko do dolnej części kaplicy. W budynku znajduje się duża, płaskorzeźba z piaskowca przedstawiająca Naigrywanie się żołnierzy z Chrystusa z 1679 r. Siedmiu oprawców ma twarze Szwedów i Pandurów, którzy napadli na klasztor w 1633 r.
W piwnicy ukryto cudowną figurę Chrystusa, otoczoną szczególnym kultem. W tym miejscu doszło do uzdrowień, czego pamiątką są zachowane, drewniane kule, które pozostawili niepełnosprawni, jako niezwykłe ex voto. Wyjątkowe dla krzeszowskiego Sanktuarium są dwa barokowe obrazy ex wotywne, namalowane w podziękowaniu za uzdrowienie, przedstawiające Chrystusa z krzeszowskiej Ciemnicy. Są one prawdopodobnie najstarszym materialnym dowodem kultu i cudów, które miały miejsce w tej kaplicy. Cenniejsze pamiątki po uzdrowieniach i znaki wdzięczności za wysłuchane modlitwy, m. in. od członków rodu Schaffgotschów, zostały zarekwirowane przy sekularyzacji. Pod samymi schodami niegdyś tryskało malutkie źródełko, mające nieść pomoc w chorobach oczu.